ماجراهای ماموران ویژه اف‌بی‌آی، فاکس مالدر و دانا اسکالی که بر روی پرونده‌های ایکس تحقیق می‌کنند؛ پرونده‌های حاشیه‌ای و حل‌نشده‌ای که با پدیده‌های ماوراءالطبیعه سر و کار دارند. مالدر به وجود موجودات فضایی و ماوراءالطبیعه اعتقاد دارد، در حالی که اسکالی، یک فرد شکاک، مامور شده تا تحلیل‌های علمی از یافته‌های مالدر ارائه دهد که کار او را بی‌اعتبار کند و او را به پرونده‌های معمولی بازگرداند.